剧场版设定在TV版三年后。19岁的星野琉璃晋升为机动战舰抚子号B型舰长。在一次边境巡逻中，遭遇来历不明的黑色战舰“复仇者号”，其驾驶员竟是当年抚子号最优秀的机师、被认为战死的明人。他被敌军改造为拥有超强感知力的“暗黑王子”，脑内被植入“杀死琉璃”的指令。琉璃拒绝开火，用广播反复呼叫“明人先生”。最终决战，琉璃关闭战舰防御系统，独自出舱站在舰桥上。明人的机甲手停在琉璃面前十厘米处，系统过载自爆。明人跳伞被救回，但失去记忆。琉璃握着他的手说：“没关系，我们从头认识。”
琉璃成为新舰长后，昔日最信任的战友化身“暗黑王子”，驾驶黑色战舰前来复仇。
机甲战斗作画至今仍是一流水准，情感虐心程度堪称系列之最。琉璃从少女到舰长的成长线令人心疼，最后出舱那幕是永恒的经典。
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